不久前,"中國宏基因組學*二代測序技術檢測感染病原體的臨床應用專家共識"在《中華傳染病雜志》發(fā)布,這是全球首篇針對所有感染性疾病的宏基因組學臨床應用專家共識。二代測序病原檢測技術越來越普及,宏基因組測序(mNGS)描述了樣本中存在的所有DNA或RNA信息,此技術能夠分析整個微生物組以及患者樣本中的人類宿主基因組或轉(zhuǎn)錄組,避免用藥失誤,把握最佳治療時間,做到精準醫(yī)療。
對于不明原因的疾病,及早的進行感染病原微生物高通量的檢測,是一種行之有效的辦法,為醫(yī)生早期診斷提供機會,為患者贏得治療的時間,又可以節(jié)省不必要的費用。2014年新英格蘭醫(yī)學雜志報道過一個通過宏基因組輔助檢測治愈了一位原因不明、反復發(fā)熱、具有癲癇及腦積水癥狀的14歲男孩的案例,這是歷史上首個宏基因組臨床應用成功的案例。文章報道這個常規(guī)治療及病原篩查都沒有確診原因,隨后對腦脊液樣本mNGS篩查,結(jié)合生物信息學分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)一種可疑的致病菌 leptospira infection,隨后針對性地使用萬古霉素和頭孢吡肟治療后出院。該團隊確認這是一種尚未報道過的病原微生物。由此,臨床宏基因組正式應用于微生物診斷拉開了帷幕。
那么,什么是病原微生物?病原微生物是指可以侵犯人體,引起感染甚至傳染病的微生物,或稱病原體。病原體中,以細菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲(原蟲、蠕蟲、醫(yī)學昆蟲)、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。病原微生物已成為全球關注的焦點。據(jù)WHO統(tǒng)計,在中國,感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對重癥感染患者,能否快速確認感染病原體,成為后續(xù)對癥治療的關鍵。
醫(yī)學檢驗中采集病原微生物用于mNGS的樣本樣本類型主要有靜脈血、腦脊液、肺泡灌洗液、痰液、胸水和腹水、咽部分泌物、局灶穿刺物、組織等多種類型。mNGS的檢測流程可以大致分為5個步驟:核酸提取、文庫構(gòu)建、上機測序、生信分析與報告解讀。對病原微生物進行測序前處理過程中關鍵的一步就是核酸提取,因為病原微生物核酸提取效果的好壞,會直接影響到后續(xù)測序的成敗。
然而上核酸提取儀之前,都需要進行樣品的前處理。前處理設備的好壞直接影響著后序檢測數(shù)據(jù)的精確度、靈敏度,規(guī)范的操作也是其中重要的條件;另外,檢測的樣品如果被外部所污染,也可能會影響檢測的結(jié)果。上海凈信在前處理這塊專注了十幾年,研磨儀系列產(chǎn)品上市十幾年以來,經(jīng)得住客戶和市場的驗證,在業(yè)內(nèi)具有良好的口碑。在醫(yī)學檢驗應用這塊也廣被客戶認可。
凈信研磨儀能將任何來源(包括土壤、植物和動物的組織/器官、細菌、酵母、真菌、孢子、古生物標本等)的原始DNA、RNA和蛋白質(zhì)進行提取和純化。 只要將樣品和研磨球放入研磨儀內(nèi)(配置研磨罐或離心管/適配器),在高頻擺動作用下,研磨球在研磨儀內(nèi)來回高速撞擊及摩擦,在非常短的時間內(nèi)便可完成樣品的研磨、粉碎、混合及細胞破壁。